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filter.R
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#This script filters a BLAST file
#
#PLEASE FILL THE FOLLOWING
python_exe <- ""
a_BLAST_input_path_and_file_ <- ""
b_Output_Path_ <- ""
c_Output_file_name <- ""
d_Percentage_overlap <- ""
e_bitscore <- ""
#### DO NOT MODIFY ANYTHING BELOW HERE#################
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TestingPyCharm_NCBI_BLAST_filtering.py
python_command_line_TestingPyCharm_NCBI_BLAST_filtering <- paste(
python_exe,
"TestingPyCharm_NCBI_BLAST_filtering.py",
"-a", a_BLAST_input_path_and_file_ ,
"-b", b_Output_Path_ ,
"-c",c_Output_file_name,
"-d", d_Percentage_overlap,
"-e",e_bitscore
)
system(python_command_line_TestingPyCharm_NCBI_BLAST_filtering)