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makeDatabase.R
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#MK database
#Create NCBI genome database from fasta or fna file.
#PLEASE FILL THE FOLLOWING
python_exe <- ""
Path_To_NCBI_BLAST_Bin_Directory <- ""
Path_To_Database_Fasta_File <- ""
Data_Base_Type = "nucl"
#### DO NOT MODIFY ANYTHING BELOW HERE#################
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#TestingPyCharm_MakeDataBase
python_command_line_TestingPyCharm_MakeDataBase <- paste(
python_exe,
"TestingPyCharm_MakeDataBase.py",
"-a", Path_To_NCBI_BLAST_Bin_Directory,
"-b", Path_To_Database_Fasta_File,
"-c", Data_Base_Type
)
system(python_command_line_TestingPyCharm_MakeDataBase)