-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathconfig_noefinder.py
242 lines (225 loc) · 15.2 KB
/
config_noefinder.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
NOEfinder Python configuration file.
version : 1.0.0
author : Marc van Dijk
status : release beta1
date : 1 January 2017
copyright: Copyright (c) 2017 Marc van Dijk
This Python style configuration file re-defines the default
NOEfinder program configuration and defines the residue
and atom translation scheme required to convert the often
ambiguous (Sparky) residue and atom naming to the standard
IUPAC PDB naming convention. This enables the matching
between peak assignments and atoms in the structure.
This is the default configuration file used by filterPeaks.py
as defined in the CONFIG_FILE variable. By default is should
be available in the same directory as the main program unless
specified otherwise in the CONFIG_FILE variable.
You may edit this file or reserve a copy for your custom
configuration and load it using the -i/--config command line
option.
NOTE:
the Python style configuration file uses a Python dictionary
to store all settings. A dictionary name other than 'settings'
or a syntax error will not load the file.
Residue and atom name translation:
The NOEfinder program uses a two step translation proces;
first the residue name is translated followed by the atom name
in the scope of the translated residue name. If the residue
translation was unsuccessful, the atom translation will fallback
to general, residue non-specific, atom name translations if
defined in the 'atom_translation' dictionary.
If the translation was unsuccessful the non-translated name
will be used.
The translation process has support for regular expression
based matching, activated using the -r/--use_regex_matching
command line option.
The translation process supports ambiguity by definition of
a list of translated residue or atom names. The residue name
'DX' for example represents all four standard DNA residue names
defined as ['THY', 'ADE', 'CYT', 'GUA'].
The program duplicates the assignment for 'DX' for every atom
belonging to each of the non-ambiguous residue names.
The residue and atom translation rules are based on atomnames.py
file of the Sparky program.
"""
settings = {
# Chemical shift and atom-atom distance tolerance settings
'chem_shift_ctol' : 0.5, # Carbon chemical shift tolerance in PPM
'chem_shift_ptol' : 0.05, # Proton chemical shift tolerance in PPM
'struc_dist_tol' : 6.0, # Distance cutoff in A for atom-atom distance caluclation
# Output settings
'loglevel' : 'warning', # Logging verbosity level 'critical','error','warning','info','debug'
# Residue and atom translation
'use_atom_translation' : False,
'use_residue_translation' : False,
'use_regex_matching' : False, # Use regular expression matching in residue and atom translation.
# Residue name translation dictionary
'residue_translation': {
'A': ['ALA'], 'R': ['ARG'], 'N': ['ASN'], 'D': ['ASP'], 'B': ['ASX'],
'C': ['CYS'], 'E': ['GLU'], 'Q': ['GLN'], 'Z': ['GLX'], 'G': ['GLY'],
'H': ['HIS'], 'I': ['ILE'], 'L': ['LEU'], 'K': ['LYS'], 'M': ['MET'],
'F': ['PHE'], 'P': ['PRO'], 'S': ['SER'], 'T': ['THR'], 'W': ['TRP'],
'Y': ['TYR'], 'V': ['VAL'],
'ALA': ['ALA'], 'ARG': ['ARG'], 'ASN': ['ASN'], 'ASP': ['ASP'], 'ASX': ['ASX'],
'CYS': ['CYS'], 'GLU': ['GLU'], 'GLN': ['GLN'], 'GLX': ['GLX'], 'GLY': ['GLY'],
'HIS': ['HIS'], 'ILE': ['ILE'], 'LEU': ['LEU'], 'LYS': ['LYS'], 'MET': ['MET'],
'PHE': ['PHE'], 'PRO': ['PRO'], 'SER': ['SER'], 'THR': ['THR'], 'TRP': ['TRP'],
'TYR': ['TYR'], 'VAL': ['VAL'],
'DT': ['THY'], 'DA': ['ADE'], 'DC': ['CYT'], 'DG': ['GUA'],
'THY': ['THY'], 'ADE': ['ADE'], 'CYT': ['CYT'], 'GUA': ['GUA'],
},
# Protein residues
'protein_residues': ['ALA', 'ARG', 'ASN', 'ASP', 'ASX', 'CYS', 'GLU', 'GLN', 'GLX', 'GLY', 'HIS',
'ILE', 'LEU', 'LYS', 'MET', 'PHE', 'PRO', 'SER', 'THR', 'TRP', 'TYR', 'VAL'],
# Atom name translation dictionary
'atom_translation': {
'ADE': {"C1'": ["C1'"], 'C2': ['C2'], "C2'": ["C2'"], "C3'": ["C3'"], 'C4': ['C4'], "C4'": ["C4'"], 'C5': ['C5'],
"C5'": ["C5'"], 'C6': ['C6'], 'C8': ['C8'], "H1'": ["H1'"], 'H2': ['H2'], "H2'2": ["H2'2"], "H2'1": ["H2'1"],
"H2'": ["H2'1"], "H3'": ["H3'"], "H4'": ["H4'"], "H5'2": ["H5'2"], "H5'1": ["H5'1"], 'H61': ['H61'],
"H5'": ["H5'1"], 'H5"': ["H5'2"], "H5''": ["H5'2"], "H2''": ["H2'2"], 'H2"': ["H2'2"],
'H62': ['H62'], 'H8': ['H8'], 'N1': ['N1'], 'N3': ['N3'], 'N6': ['N6'], 'N7': ['N7'], 'N9': ['N9'],
'O1P': ['O1P'], "O2'": ["O2'"], 'O2P': ['O2P'], "O3'": ["O3'"], "O4'": ["O4'"], "O5'": ["O5'"], 'P': ['P']},
'ALA': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB1': ['HB1'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'],
'N': ['N'], 'MB':['HB1', 'HB2', 'HB3'], 'H1': ['H']},
'ARG': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD': ['CD'], 'CG': ['CG'], 'CZ': ['CZ'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'],
'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HD2': ['HD2'], 'HD3': ['HD3'], 'HE': ['HE'], 'HG2': ['HG2'], 'HG3': ['HG3'],
'HH11': ['HH11'], 'HH12': ['HH12'], 'HH21': ['HH21'], 'HH22': ['HH22'], 'N': ['N'], 'NE': ['NE'], 'NH1': ['NH1'],
'NH2': ['NH2'], 'NQH': ['NH1', 'NH2'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QD': ['HD1', 'HD2'], 'QG': ['HG2', 'HG3'],
'QH1': ['HH11', 'HH12'], 'QH2': ['HH21', 'HH22'], 'QQH': ['HH11', 'HH12', 'HH21', 'HH22']},
'ASN': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CG': ['CG'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'],
'HD21': ['HD21'], 'HD22': ['HD22'], 'N': ['N'], 'ND2': ['ND2'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QD2': ['HD21', 'HD22'],
'H1': ['H']},
'ASP': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CG': ['CG'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'],
'HD2': ['HD2'], 'N': ['N'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'H1': ['H']},
'CYS': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HG': ['HG'],
'N': ['N'], 'QB':['HB2', 'HB3'], 'H1': ['H']},
'CYT': {"C1'": ["C1'"], 'C2': ['C2'], "C2'": ["C2'"], "C3'": ["C3'"], 'C4': ['C4'], "C4'": ["C4'"], 'C5': ['C5'],
"C5'": ["C5'"], 'C6': ['C6'], "H1'": ["H1'"], "H2'2": ["H2'2"], "H2'1": ["H2'1"], "H2'": ["H2'1"], "H3'": ["H3'"],
"H4'": ["H4'"], 'H41': ['H41'], 'H42': ['H42'], 'H5': ['H5'], "H5'2": ["H5'2"], "H5'1": ["H5'1"], 'H6': ['H6'],
"H5'": ["H5'1"], 'H5"': ["H5'2"], "H5''": ["H5'2"], "H2''": ["H2'2"], 'H2"': ["H2'2"],
'N1': ['N1'], 'N3': ['N3'], 'N4': ['N4'], 'O1P': ['O1P'], 'O2': ['O2'], "O2'": ["O2'"], 'O2P': ['O2P'],
"O3'": ["O3'"], "O4'": ["O4'"], "O5'": ["O5'"], 'P': ['P']},
'GLN': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD': ['CD'], 'CG': ['CG'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'],
'HB3': ['HB3'], 'HE21': ['HE21'], 'HE22': ['HE22'], 'HG2': ['HG2'], 'HG3': ['HG3'], 'N': ['N'], 'NE2': ['NE2'],
'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QE2': ['HE21', 'HE22'], 'QG': ['HG2', 'HG3'], 'H1': ['H']},
'GLU': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD': ['CD'], 'CG': ['CG'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'],
'HB3': ['HB3'], 'HE2': ['HE2'], 'HG2': ['HG2'], 'HG3': ['HG3'], 'N': ['N'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QG': ['HG2', 'HG3'],
'H1': ['H']},
'GLY': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'H': ['H'], 'HA2': ['HA2'], 'HA3': ['HA3'], 'N': ['N'], 'QA': ['HA2', 'HA3'], 'H1': ['H']},
'GUA': {"C1'": ["C1'"], 'C2': ['C2'], "C2'": ["C2'"], "C3'": ["C3'"], 'C4': ['C4'], "C4'": ["C4'"], 'C5': ['C5'],
"C5'": ["C5'"], 'C6': ['C6'], 'C8': ['C8'], 'H1': ['H1'], "H1'": ["H1'"], "H2'2": ["H2'2"], "H2'1": ["H2'1"],
"H2'": ["H2'1"], 'H21': ['H21'], 'H22': ['H22'], "H3'": ["H3'"], "H4'": ["H4'"], "H5'2": ["H5'2"], "H5'1": ["H5'1"],
"H5'": ["H5'1"], 'H5"': ["H5'2"], "H5''": ["H5'2"], "H2''": ["H2'2"], 'H2"': ["H2'2"],
'H8': ['H8'], 'N1': ['N1'], 'N2': ['N2'], 'N3': ['N3'], 'N7': ['N7'], 'N9': ['N9'], 'O1P': ['O1P'], "O2'": ["O2'"],
'O2P': ['O2P'], "O3'": ["O3'"], "O4'": ["O4'"], "O5'": ["O5'"], 'O6': ['O6'], 'P': ['P']},
'HIS': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD2': ['CD2'], 'CE1': ['CE1'], 'CG': ['CG'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'],
'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HD1': ['HD1'], 'HD2': ['HD2'], 'HE1': ['HE1'], 'HE2': ['HE2'], 'N': ['N'],
'ND1': ['ND1'], 'NE2': ['NE2'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'H1': ['H']},
'ILE': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD1': ['CD1'], 'CG1': ['CG1'], 'CG2': ['CG2'], 'CQG': ['CG1', 'CG2'],
'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB': ['HB'], 'HD11': ['HD11'], 'HD12': ['HD12'], 'HD13': ['HD13'], 'HG12': ['HG12'],
'HG13': ['HG13'], 'HG21': ['HG21'], 'HG22': ['HG22'], 'HG23': ['HG23'], 'MD1': ['HD11', 'HD12', 'HD13'], 'MG2': ['HG21', 'HG22', 'HG23'], 'N': ['N'],
'QG1': ['HG12', 'HG13'], 'H1': ['H']},
'LEU': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD1': ['CD1'], 'CD2': ['CD2'], 'CG': ['CG'], 'CQD': ['CD1', 'CD2'], 'H': ['H'],
'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HD11': ['HD11'], 'HD12': ['HD12'], 'HD13': ['HD13'], 'HD21': ['HD21'],
'HD22': ['HD22'], 'HD23': ['HD23'], 'HG': ['HG'], 'MD1': ['HD11', 'HD12', 'HD13'], 'MD2': ['HD21', 'HD22', 'HD23'], 'N': ['N'], 'QB': ['HB2', 'HB3'],
'QMD': ['HD11', 'HD12', 'HD13', 'HD21', 'HD22', 'HD23'], 'H1': ['H']},
'LYS': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD': ['CD'], 'CE': ['CE'], 'CG': ['CG'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'],
'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HD2': ['HD2'], 'HD3': ['HD3'], 'HE2': ['HE2'], 'HE3': ['HE3'], 'HG2': ['HG2'],
'HG3': ['HG3'], 'HZ1': ['HZ1'], 'HZ2': ['HZ2'], 'HZ3': ['HZ3'], 'MZ': ['HZ1', 'HZ2', 'HZ3'], 'N': ['N'], 'NZ': ['NZ'],
'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QD': ['HD1', 'HD2'], 'QE': ['HE1', 'HE2'], 'QG': ['HG2', 'HG3'], 'H1': ['H']},
'MET': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CE': ['CE'], 'CG': ['CG'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'],
'HB3': ['HB3'], 'HE1': ['HE1'], 'HE2': ['HE2'], 'HE3': ['HE3'], 'HG2': ['HG2'], 'HG3': ['HG3'], 'ME': ['HE1', 'HE2', 'HE3'],
'N': ['N'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QG': ['HG2', 'HG3'], 'H1': ['H']},
'PHE': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD1': ['CD1'], 'CD2': ['CD2'], 'CE1': ['CE1'], 'CE2': ['CE2'],
'CG': ['CG'], 'CQD': ['CD1', 'CD2'], 'CQE': ['CE1', 'CE2'], 'CZ': ['CZ'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'],
'HD1': ['HD1'], 'HD2': ['HD2'], 'HE1': ['HE1'], 'HE2': ['HE2'], 'HZ': ['HZ'], 'N': ['N'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QD': ['HD1', 'HD2'],
'QE': ['HE1', 'HE2'], 'H1': ['H']},
'PRO': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD': ['CD'], 'CG': ['CG'], 'H2': ['H2'], 'H3': ['H3'], 'HA': ['HA'],
'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HD2': ['HD2'], 'HD3': ['HD3'], 'HG2': ['HG2'], 'HG3': ['HG3'], 'N': ['N'],
'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QD': ['HD1', 'HD2'], 'QG': ['HG2', 'HG3'], 'H1': ['H']},
'SER': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HG': ['HG'],
'N': ['N'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'H1': ['H']},
'THR': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CG2': ['CG2'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB': ['HB'], 'HG1': ['HG1'],
'HG21': ['HG21'], 'HG22': ['HG22'], 'HG23': ['HG23'], 'MG2': ['HG21', 'HG22', 'HG23'], 'N': ['N'], 'H1': ['H']},
'THY': {"C1'": ["C1'"], 'C2': ['C2'], "C2'": ["C2'"], "C3'": ["C3'"], 'C4': ['C4'], "C4'": ["C4'"], 'C5': ['C5'],
"C5'": ["C5'"], 'C6': ['C6'], 'C7': ['C7'], "H1'": ["H1'"], "H2'2": ["H2'2"], "H2'1": ["H2'1"], "H2'": ["H2'1"],
'H3': ['H3'], "H3'": ["H3'"], "H4'": ["H4'"], "H5'2": ["H5'2"], "H5'1": ["H5'1"], 'H6': ['H6'], 'H71': ['H71'],
'H72': ['H72'], "H5''": ["H5'2"], 'H5"': ["H5'2"], "H2''": ["H2'2"], 'H2"': ["H2'2"], "H5'": ["H5'1"],
'H73': ['H73'], 'M7': ['H71', 'H72', 'H73'], 'N1': ['N1'], 'N3': ['N3'], 'O1P': ['O1P'], 'O2': ['O2'], 'O2P': ['O2P'],
"O3'": ["O3'"], 'O4': ['O4'], "O4'": ["O4'"], "O5'": ["O5'"], 'P': ['P'], 'H1': ['H'], 'M5': ["H5'1", "H5'2"]},
'TRP': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD1': ['CD1'], 'CD2': ['CD2'], 'CE2': ['CE2'], 'CE3': ['CE3'], 'CG': ['CG'],
'CH2': ['CH2'], 'CZ2': ['CZ2'], 'CZ3': ['CZ3'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'],
'HD1': ['HD1'], 'HE1': ['HE1'], 'HE3': ['HE3'], 'HH2': ['HH2'], 'HZ2': ['HZ2'], 'HZ3': ['HZ3'], 'N': ['N'],
'NE1': ['NE1'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'H1': ['H']},
'TYR': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CD1': ['CD1'], 'CD2': ['CD2'], 'CE1': ['CE1'], 'CE2': ['CE2'], 'CG': ['CG'],
'CQD': ['CD1', 'CD2'], 'CQE': ['CE1', 'CE2'], 'CZ': ['CZ'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'], 'HB2': ['HB2'], 'HB3': ['HB3'], 'HD1': ['HD1'],
'HD2': ['HD2'], 'HE1': ['HE1'], 'HE2': ['HE2'], 'HH': ['HH'], 'N': ['N'], 'QB': ['HB2', 'HB3'], 'QD': ['HD1', 'HD2'],
'QE': ['HE1', 'HE2'], 'H1': ['H']},
'URI': {"C1'": ["C1'"], 'C2': ['C2'], "C2'": ["C2'"], "C3'": ["C3'"], 'C4': ['C4'], "C4'": ["C4'"], 'C5': ['C5'],
"C5'": ["C5'"], 'C6': ['C6'], "H1'": ["H1'"], "H2'1": ["H2'1"], "H2'": ["H2'1"], 'H3': ['H3'], "H3'": ["H3'"], "H4'": ["H4'"],
'H5': ['H5'], "H5'2": ["H5'2"], "H5'1": ["H5'1"], 'H6': ['H6'], 'N1': ['N1'], 'N3': ['N3'], 'O1P': ['O1P'],
"H5'": ["H5'1"], 'H5"': ["H5'2"], "H5''": ["H5'2"], "H2'2": ["H2'2"], "H2''": ["H2'2"], 'H2"': ["H2'2"],
"O2'": ["O2'"], 'O2P': ['O2P'], "O3'": ["O3'"], "O4'": ["O4'"], "O5'": ["O5'"], 'P': ['P']},
'VAL': {'C': ['C'], 'CA': ['CA'], 'CB': ['CB'], 'CG1': ['CG1'], 'CG2': ['CG2'], 'CQG': ['CG1', 'CG2'], 'H': ['H'], 'HA': ['HA'],
'HB': ['HB'], 'HG11': ['HG11'], 'HG12': ['HG12'], 'HG13': ['HG13'], 'HG21': ['HG21'], 'HG22': ['HG22'],
'HG23': ['HG23'], 'MG1': ['HG11', 'HG12', 'HG13'], 'MG2': ['HG21', 'HG22', 'HG23'], 'N': ['N'],
'QMG': ['HG11', 'HG12', 'HG13', 'HG21', 'HG22', 'HG23'], 'H1': ['H']},
# Proton 123 prefixes to suffixes
'1HD2': ['HD21'],
"1H2'": ["H2'1"],
'2HH1': ['HH12'],
'2HD1': ['HD12'],
'1H2': ['H21'],
"2H2'": ["H2'2"],
'1H6': ['H61'],
'1H7': ['H71'],
'1H4': ['H41'],
'3HG1': ['HG13'],
'3HG2': ['HG23'],
'2H2': ['H22'],
'2HD2': ['HD22'],
'2H4': ['H42'],
'2H7': ['H72'],
'2H6': ['H62'],
'3HA': ['HA3'],
'3HB': ['HB3'],
'1HG2': ['HG21'],
'3HE': ['HE3'],
'3HG': ['HG3'],
'3HD': ['HD3'],
'3HD1': ['HD13'],
'1HD1': ['HD11'],
'2HH2': ['HH22'],
'2HZ': ['HZ2'],
'3H7': ['H73'],
'1HZ': ['HZ1'],
'1HE2': ['HE21'],
'1HG1': ['HG11'],
"1H5'": ["H5'1"],
'1HB': ['HB1'],
'2HH': ['HH2'],
'1HA': ['HA1'],
'1HG': ['HG1'],
'1HD': ['HD1'],
'1HE': ['HE1'],
'2HA': ['HA2'],
'2HB': ['HB2'],
'2HE': ['HE2'],
'2HD': ['HD2'],
'2HG': ['HG2'],
'2HG2': ['HG22'],
'2HG1': ['HG12'],
'2HE2': ['HE22'],
"2H5'": ["H5'2"],
'1HH2': ['HH21'],
'3HD2': ['HD23'],
'3HZ': ['HZ3'],
'1HH1': ['HH11'],
# Custom
'HX': ["H1'"],
'X1': ["H1'"],
'X2': ["H1'"],
},
}