Estimate possible validation of the maximum number of antigens with the same code in low res

[abragtim]

Úvod

Teď pro do-crossmatch API jsme vypnuli omezení na maximální počet HLA typů v typing se stejným low res kódem (

txmatching/txmatching/web/api/crossmatch_api.py

Lines 62 to 63 in dc88839

	donor_hla_typing=create_hla_typing(crossmatch_dto.get_maximum_donor_hla_typing(),
	ignore_max_number_hla_types_per_group=True),

),
což umožňuje správně sparsovat celý assumed HLA typing, který v maximalizovánem vzhledu může mít i nekonečně mnoho HLA typů se stejným low res, tj. dovoluje korektně sparsovat typing jako
[
[DPA1*01:01, DPA1*01:02],
[DPA1*01:03]
], který v maximalizovaném vzhledu má až tři kódy se stejným low res kódem.

To ale propouští i nevalidní HLA typings jako tenhle:
[
[DPA1*01:01],
[DPA1*01:02],
[DPA1*01:03]
], který má taky tři HLA kódy, ale skutečných, když v minulém případě [DPA1*01:01, DPA1*01:02] se počítá jako jeden

Aby bylo jasné
[
[DPA1*01:01, DPA1*01:02],
[DPA1*01:03],
[DPA1*01:04]
] je taky nevalidní případ, protože má taky tři skutečných (ne assumed) HLA typů:

1. [DPA1*01:01, DPA1*01:02]
2. [DPA1*01:03]
3. [DPA1*01:04]

Crossmatch pro ty "nevalidní" případy při obyčejným počítání na TXM jsou označeny za UNDECIDABLE. Validace probíhá tady:

txmatching/txmatching/utils/hla_system/hla_transformations/hla_transformations_store.py

Lines 142 to 154 in 17948e2

	# 4. check if the number of hla_types per group exceedes the max number of hla_types for that group
	if not ignore_max_number_hla_types:
	for group in hla_per_groups:
	if group_exceedes_max_number_of_hla_types(group.hla_types, group.hla_group):
	invalid_hla_groups.append(group.hla_group.name)
	group_name = 'Group ' + group.hla_group.name
	parsing_issues.append(
	ParsingIssueBase(
	hla_code_or_group=group_name,
	parsing_issue_detail=ParsingIssueDetail.MORE_THAN_TWO_HLA_CODES_PER_GROUP,
	message=ParsingIssueDetail.MORE_THAN_TWO_HLA_CODES_PER_GROUP.value
	)
	)

Task

Tak v rámci tohoto issue je třeba

• Zvážit možnosti vracení takových UNDECIDABLE matches, jak moc zpomalují současný kód. Konečně vyřešit, jestli ty úpravy toho stojí nebo jsme spokojeny i s takovou verzi tohoto specifického endpointu.
• Buď to vyřešit nebo zavřít issue

Diskuze

Původní diskuze o tomto začala v rámci tohoto PR: #1188

• Handle special HLAType format in crossmatch API #1188 (comment)
• Handle special HLAType format in crossmatch API #1188 (review)