Retreat2010

BALL Retreat 2010

Zur besseren Koordination der Zusammenarbeit zwischen Tübingen und Saarbrücken findet am 8. und 9.12. ein Treffen aller BALL Entwickler im Gebäude der Saarbrücker Bioinformatik statt.

Hier Annes Ankündigungsmail mit aktuellem Ablaufplan:

{{{ Liebe BALLer,

mit dieser Email möchte ich Euch schonmal eine Agenda für den 8./9. 12. 2010 vorschlagen.

8.12.:

11:00 Breakfast Talks mit Frühstück im Konferenzraum des Bioinformatik-Neubaus pro Teilnehmer sind hier 5 Minuten für einen kleinen Talk vorgesehen, in dem kurz die bisherigen und geplanten Beiträge zu BALL vorgestellt werden sollen. Achtung: jeder Teilnehmer sollte dafür 1 bis 2 Folien vorbereiten!

14:00 konkrete Featurewünsche, Vision für BALL(View) 2.0 Vorstellung von Bachelor- und Masterarbeiten

15:00 Fototermin: Gruppenphoto für die BALL-Homepage 15:30 Aufteilung in Gruppen, Planung von Projekten, Arbeiten am Code

18:00 3D Vorführung BALLView mit Raytracing und Stereobeamer 19:00 Abendessen im Krua Thay

9.12.:

10:00 Fortführung der Gruppenarbeit 15:00 Besprechung Release-Schedule 16:00 Rückfahrt nach Tübingen

Kommentare oder Vorschläge zur Agenda sind herzlich Willkommen.

Wir freuen uns schon auf Euren Besuch!

Liebe Grüße,

Anne }}}

Teilnehmer

Hier eine Liste aller Teilnehmenden:

=== Tübingen ===

• Oliver Kohlbacher
• Andreas Kämper
• Marc Röttig
• Nina Fischer
• Marcel Schumann
• Philipp Thiel

Saarbrücken

• Anne Dehof
• Andreas Hildebrandt begin_of_the_skype_highlighting end_of_the_skype_highlighting
• Sabine Müller
• Stefan Nickels
• Daniel Stöckel
• Lisa Blass
• Simon Loew
• Lara Schneider
• Benny Kneissl
• Mathias Bader
• Wolfgang Herget

5-Minuten Vorträge

• BALL News: Wikipedia Eintrag, Code library, BALLView translations, BALL Publikation, RayTracing ...

• Anne Dehof: Optimal Bond Order Assignment

• Daniel Stöckel: Entwicklung von Scoringfunktionen mittels statistischer Methoden

• Stefan Nickels: XRay und Electron Density, Stereo

• Simon Loew: NMR shift prediction

• Sabine Müller: Membrane Kinks Prediction

• Lisa Blass: Multi-Grid Solver

• Mathias Bader: "Integrating virtual reality devices into BallView"

• Woldgang Herget: "Upgrading the FragmentDB"

• Nina Fischer: 5 min zu Rezeptorflexibilität und !MM/PBSA

• Marc Röttig: 10 min zu TÜ-Screen, !Workflows/Galaxy, Dockingtools, DockXML

• Marcel Schumann: 10 min QSAR, Docking

• Philipp Thiel: 5 min Clustering

== Ideen zur Gruppenarbeit ==

• Deutsche Übersetzung von BALLView testen
• Implementieren von Tests, Tests und Tests
• Generell:
• Planung von BALL 2.0 (Überarbeitung des Kernels, ...)
• BALLView:
• Undo
• Editierbare !Option/Parameter Dateien (aus OpenMS übernehmen)
• Dokumentation:
• Verbesserung der API Dokumentation
• Verbesserung der Tutorial.pdf
• Überprüfung und Erstellung von BALLView Dokumentation
• Infrastruktur:
• Durchsicht und Aktualisierung der Website
• Verbesserung des Workflows

Ergebnisse

• Codingsession 2011
• Vereinheitlichtes Machine Learning Modul