adding train/test PDB ids

training/README.md

@@ -0,0 +1,4 @@
+## Retraining LigandMPNN
+
+Training PDB ids: `train.json`
+Test PDB ids: `test_small_molecule.json, test_nucleotide.json, test_metal.json`

training/test_metal.json

@@ -0,0 +1 @@
+["1dwh", "1e4m", "1e6s", "1e72", "1f35", "1fee", "1job", "1lqk", "1m5e", "1m5f", "1moj", "1mxy", "1mxz", "1my1", "1nki", "1qum", "1sgf", "1t31", "1u3e", "2bdh", "2bx2", "2cfv", "2e6c", "2nq9", "2nqj", "2nz6", "2ou7", "2vxx", "2zwn", "3bvx", "3cv5", "3f4v", "3f5l", "3fgg", "3hg9", "3hkn", "3hkt", "3i9z", "3k7r", "3l24", "3l7t", "3m7p", "3mi9", "3o1u", "3u92", "3u93", "3u94", "3won", "4aoj", "4dy1", "4hzt", "4i0f", "4i0j", "4i0z", "4i11", "4i12", "4jd1", "4naz", "4wd8", "4x68", "5f55", "5f56", "5fgs", "5hez", "5i4j", "5l70", "5vde", "6a4x", "6buu", "6cyt", "6iv2", "6lkp", "6lrd", "6wdz", "6x75", "7dnr", "7e34", "7kii", "7n7g", "7s7l", "7s7m", "7w5e", "7wb2"]

training/test_nucleotide.json

@@ -0,0 +1 @@
+["1a0a", "1am9", "1an4", "1b01", "1bc7", "1bc8", "1di2", "1ec6", "1hlo", "1hlv", "1i3j", "1pvi", "1qum", "1sfu", "1u3e", "1xpx", "1yo5", "1zx4", "2c5r", "2c62", "2nq9", "2o4a", "2p5l", "2xdb", "2ypb", "2zhg", "2zio", "3adl", "3bsu", "3fc3", "3g73", "3gna", "3gx4", "3lsr", "3mj0", "3mva", "3n7q", "3olt", "3vok", "3vwb", "3zp5", "4ato", "4bhm", "4bqa", "4e0p", "4nid", "4wal", "5cm3", "5haw", "5mht", "5vc9", "5w9s", "5ybd", "6bjv", "6dnw", "6fqr", "6gdr", "6kbs", "6lff", "6lmj", "6od4", "6wdz", "6x70", "6y93", "7bca", "7c0g", "7el3", "7jsa", "7ju3", "7kii", "7kij", "7mtl", "7z0u", "8dwm"]

training/test_small_molecule.json

@@ -0,0 +1 @@
+["1a28", "1bzc", "1drv", "1e3g", "1elb", "1elc", "1epo", "1f0r", "1g7f", "1g7g", "1gvw", "1gx8", "1i37", "1kav", "1kdk", "1kv1", "1l8g", "1lhu", "1lpg", "1nc1", "1nfx", "1nhz", "1nl9", "1nny", "1nwl", "1ony", "1pyn", "1qb1", "1qkt", "1qxk", "1r0p", "1sj0", "1sqn", "1v2n", "1xjd", "1xws", "1yc1", "1yqj", "1z95", "1zp8", "2ayr", "2b07", "2b4l", "2baj", "2bak", "2bal", "2bsm", "2cet", "2e2r", "2f6t", "2fdp", "2g94", "2hah", "2ihq", "2iwx", "2j2u", "2j34", "2j4i", "2j94", "2j95", "2o0u", "2oax", "2ojg", "2ojj", "2p4j", "2p7g", "2p7z", "2pog", "2qbp", "2qbq", "2qbs", "2qe4", "2qmg", "2uwl", "2uwo", "2uwp", "2v7a", "2vh0", "2vh6", "2vkm", "2vrj", "2vw5", "2vwc", "2w8y", "2wc3", "2web", "2wec", "2weq", "2wgj", "2wuf", "2wyg", "2wyj", "2xab", "2xb8", "2xda", "2xht", "2xj1", "2xj2", "2xjg", "2xjx", "2y7x", "2y7z", "2y80", "2y81", "2y82", "2ydw", "2yek", "2yel", "2yfe", "2yfx", "2yge", "2ygf", "2yi0", "2yi7", "2yix", "2zmm", "3acw", "3acx", "3b5r", "3b65", "3bgq", "3bgz", "3ckp", "3cow", "3coy", "3coz", "3d7z", "3d83", "3eax", "3ekr", "3fv1", "3fv2", "3fvk", "3gba", "3gbb", "3gcs", "3gcu", "3gy3", "3hek", "3i25", "3ioc", "3iph", "3iw6", "3k97", "3lpi", "3lpk", "3lxk", "3m35", "3myg", "3n76", "3nq3", "3nyx", "3o5x", "3o8p", "3pww", "3roc", "3tfn", "3u81", "3ueu", "3uev", "3uew", "3uex", "3vha", "3vhc", "3vhd", "3vje", "3vvy", "3vw1", "3vw2", "3wha", "3wz6", "3wz8", "3zc5", "3zm9", "3zze", "4a4v", "4a4w", "4a7i", "4ag8", "4ap7", "4b6o", "4b9k", "4cd0", "4cga", "4cmo", "4da5", "4e5w", "4e6d", "4e9u", "4ea2", "4egk", "4er1", "4fcq", "4ffs", "4flp", "4g8n", "4gny", "4gu6", "4hge", "4igt", "4k0y", "4k9y", "4kao", "4kcx", "4lyw", "4m0r", "4m12", "4m13", "4muf", "4nh8", "4nwc", "4o04", "4o05", "4o07", "4o09", "4o0b", "4p5z", "4pmm", "4pop", "4qev", "4qew", "4qyy", "4rfm", "4rwj", "4twp", "4uyf", "4v01", "4w9f", "4w9l", "4wa9", "4wkn", "4x6p", "4xip", "4xir", "4y79", "4ybk", "4ymb", "4yml", "4ynb", "4yth", "4z0k", "4zae", "5aa9", "5acy", "5d26", "5d3h", "5d3j", "5d3l", "5d3t", "5dlx", "5dqc", "5dwr", "5e74", "5egm", "5eng", "5eqp", "5eqy", "5er1", "5exm", "5exn", "5f9b", "5fto", "5fut", "5hcv", "5i3v", "5i3y", "5i9x", "5i9z", "5ie1", "5ih9", "5jq5", "5kz0", "5l2s", "5lli", "5lny", "5lsg", "5neb", "5nw1", "5nyh", "5op5", "5oq8", "5qqp", "5t19", "5tpx", "5v82", "5yfs", "5yft", "6c2r", "6cjr", "6cpw", "6dgq", "6dgr", "6dyu", "6dyv", "6el5", "6elo", "6elp", "6ey9", "6eyb", "6f1n", "6ge7", "6gf9", "6gfs", "6ghh", "6i61", "6i64", "6i67", "6md0", "6mh1", "6mh7", "6n7a", "6n8x", "6no9", "6nv7", "6nv9", "6olx", "6qi7"]